Se agregó la "S" para determinar que el iPhone 3GS tenía una mayor velocidad que las versiones anteriores.
Entre los cambios de esta nueva generación se encuentra un procesador más rápido y navegación 3G en internet mucho más rápida. Se hicieron varias mejoras en el software para un mejor funcionamiento del dispositivo.
Lo más innovador en cuanto a este modelo fue que su cámara de 3 megapíxeles tenía la capacidad para grabar videos por primera vez en la historia de iPhone.
También fue el primer iPhone con una brújula digital que le permitió mostrar correctamente su orientación en el espacio en Maps.