Giunone, moglie di Giove, da lungo tempo porta rancore verso i troiani dal momento che Paride le preferì Venere; questa sua ostilità rende ancora più difficoltoso il viaggio di Enea che, sopravvissuto alla guerra di Troia insieme al padre Anchise e al figlioletto Ascanio, vaga per mare alla ricerca di una meta sicura. Il Fato gli ha assegnato le coste del Lazio dove fonderà una città e una stirpe che governerà il mondo. Enea é in viaggio da sette anni quando Giunone scatena una tempesta.
Libro I Giunone adirata contro i Troiani, convince Eolo a scatenare una tempesta contro Enea che, dalla Sicilia veleggia verso le coste del Lazio. Si salva grazie all'intervento divino di Nettuno e approda a Cartagine. Qui viene accolto benevolmente dalla regina Didone che per onorare gli ospiti ordina un grandioso banchetto, durante il quale, con uno stratagemma, si innamora di Enea e lo prega di raccontare il suo lungo viaggio.
Libro II Enea racconta la fine dell'assedio di Troia da parte degli Achei, l'inganno dell'enorme cavallo lasciato sulla spiaggia, che nascondeva al suo interno i guerrieri greci tra i quali Ulisse e Menelao. Questi, uscirono durante la notte e misero a ferro e fuoco Troia.
Libro III In seguito alla caduta della città Enea prende il mare con uno sparuto gruppo di sopravvissuti. Ha inizio il suo viaggio avventuroso che lo porta a incontrare personaggi mostruosi come Polifemo e le Arpie.
Libro IV La regina Didone é profondamente colpita dal racconto di Enea, innamorata perdutamente dell'eroe, malgrado qualche esitazione, si unisce a lui in una grotta, durante una battuta di caccia. Quando Giove si accorge dell'accaduto, invia Mercurio presso Enea con il fine di ricordargli che la sua destinazione é l'Italia. Enea obbedisce e allestisce la nave per la partenza. Didone, disperata, cerca invano di fermarlo e si uccide.
Libro V Enea giunge in Sicilia nella colonia troiana fondata da Aceste e indice solenni festeggiamenti in onore del padre Anchise morto l'anno precedente. Il vecchio padre appare in sogno a Enea e gli consiglia di lasciare sull'isola le persone che non intendono riprendere il mare come le donne e i vecchi. Loro si ritroveranno presto nell'oltretomba. Nettuno proteggerà il viaggio di Enea ma vuole ancora un'ultima vittima: questi sarà Palinuro il timoniere di Enea che finisce scaraventato in mare.
Libro VI Giunti a Cuma, la Sibilla accompagna Enea nell'oltretomba: qui incontrano Caronte, traghettatore di anime e Cerbero il cane a tre teste. Incontrano Didone, attraversano il Flagetonte, un fiume di fuoco,e finalmente giungono ai Campi Elisi dove sono le anime dei giusti e dove Enea incontra Anchise che mostra al figlio Romolo, Augusto, Cesare Pompeo e altri grandi personaggi della futura storia di Roma.
Libro VII Enea giunge sulle coste del Lazio, nella regione dove regna Latino con la moglie Amata. I due hanno una figlia, Lavinia, promessa sposa a Turno, figlio del re dei Rutuli. Enea chiede a Latino una sede dove potersi fermare dopo tante sventure, il re acconsente e, dato che un oracolo aveva predetto le nozze della figlia con un principe straniero, gli promette la mano della figlia. Ma Giunone s'intromette ostacolando l'unione, Turno vuole vendicare l'offesa subita e prepara la guerra contro i Troiani.
Libro VIII Il dio Tevere fa visita Enea durante il sonno e gli suggerisce di placare l'ira di Giunone con sacrifici e di risalire il Tevere fino alla città di Pallanteo per chiedere al re Evandro aiuti contro Turno. Intanto, sull'Olimpo, Venere prega Vulcano di costruire per il figlio un'armatura eccezionale; Vulcano acconsente e foggia per Enea uno scudo che raffigura le scene della futura storia di Roma.
Libro IX I Rutuli attaccano il campo troiano, senza però riuscire a penetrarvi; Giove salva le navi troiane e Turno continua gli attacchi fino al sopraggiungere della notte. Col favore del buio due valorosi amici troiani, Eurialo e Niso, attraversano le linee nemiche per avvisare Enea del pericolo, ma vengono sorpresi e uccisi.
Libro X Enea ritorna al campo con gli alleati e infuria lo scontro con Turno. Cade vittima Pallante, figlio del re Evandro ed Enea affronta Menenzio ma proprio mentre sta per ucciderlo interviene il figlio Lauso che combatte e muore pur di salvare la vita al padre.
Libro XI Viene stabilita una tregua per poter svolgere i riti funebri per i numerosi caduti. Al termine della tregue Enea marcia verso la città e Turno prepara la difesa.
Libro XII Turno ed Enea si scontrano in duello: Enea viene ferito ma grazie ad un medicamento prodigioso, si ristabilisce e torna sul campo di battaglia. I troiani attaccano la città e la regina Amata crede che Turno sia morto e si uccide. A sua volta, Turno, venuto a conoscenza della morte di Amata e della disperazione della popolazione che chiedeva il suo aiuto, decide di andare incontro al suo destino e sfida Enea. Giove e Giunone assistono allo scontro e stringono un patto solenne: Giunone non ostacolerà più i troiani perché dalla loro discendenza unita a quella dei latini nascerà la stirpe di Roma e Giove le promette che i Romani avranno per lei un culto particolare. Turno abbandonato al suo destino viene trafitto da Enea.