La struttura prende il nome di "Villa dei Misteri" per via del culto misterico di Dioniso, di cui gli affreschi documentano le fasi del rituale.
La Villa è suddivisa in tre grandi complessi: -il quartiere signorile è disposto ad occidente del peristilio con atrium, tablinum e vari cubicula, portici ed exedra monumentale; -a N del peristilio sono raggruppati i servizi ed i depositi; -ad E ed a S si trovano il quartiere rustico, i bagni e le cucine.
Malgrado le ricorrenti ed estese particolarità la planimetria della villa, con la sua forma quadrangolare, si rivela accentrata e suddivisa in modo regolare. Nella Villa dei Misteri manca la decorazione di I stile, mentre è presente un notevole e ricco repertorio dei sistemi decorativi di II stile. Si segnalano vari ambienti dipinti oltre al noto ciclo che ha dato il nome all’intero complesso.
Gli affreschi sono stati dipinti sulle pareti del triclinio (che corrisponde alla nostra attuale sala da pranzo), e rappresentano il rituale di iniziazione femminile al matrimonio o, secondo altre interpretazioni, il passaggio dalla fase puerile a quella adulta delle ragazze nate sotto l’età augustea.
La sequenza pittorica lunga 17 metri e alta 3 metri è sicuramente l’attrazione principale di questa villa ricca di stanze, caratteristica comune per le ville costruite nella Roma di quell’epoca; realizzata secondo lo stile pompeiano, ricopre le quattro pareti della sala, e raffigura ventinove personaggi di dimensioni quasi naturali secondo il genere pittorico della “megalografia”, facendo apparire le figure ritagliate, incollate e private delle ombre, e disponendole a gruppi sopra un podio decorato a finto marmo (quindi dipinto in trompe-l’oeil), situato lungo la parte inferiore delle pareti.
Nella scena pittorica è inserito il culto del ciclo dedicato a Bacco, il quale viene rappresentato solitamente accompagnato dai mitologici satiri e sileni, e le sue sacerdotesse baccanti, che qui completano la scena. Probabilmente la pittura era stata ispirata a un originale ellenistico che rappresentava l’iniziazione delle spose ai misteri dionisiaci, datato fra il IV e il II secolo a.C.
A spiegare il rimando a Dioniso sarebbe la coltivazione delle viti nei pressi della villa, era infatti piuttosto comune che le famiglie abbienti di quell’epoca producessero un proprio vino, olio d’oliva, e altri prodotti.
Fu sepolta nel 79 a.C. dagli strati della famosa eruzione del Vesuvio che distrusse la città di Pompei ed Ercolano.