Погиб 28 апреля 2002 года при катастрофе вертолёта Ми-8 в районе озера Ойское, на Буйбинском перевале (Красноярский край), куда он вместе с сотрудниками своей администрации летел на открытие новой горнолыжной трассы. Вертолёт разбился на юге Ермаковского района в 50 км от посёлка Арадан, столкнувшись с проводом ЛЭП возле автомобильной трассы М-54 «Енисей», в 100 км от районного центра — села Ермаковское. От полученных ран Александр Лебедь скончался. По мнению государственной комиссии, причиной катастрофы стала «неудовлетворительная подготовка экипажа к выполнению полёта». Высказывались предположения, что причиной катастрофы могла быть диверсия (к лопасти несущего винта было прикреплено взрывное дистанционно управляемое устройство), а также имеются противоречивые данные, что губернатор приказал экипажу продолжать полёт несмотря на нелётную погоду, и отрицание этого. В качестве причин катастрофы называлось и отсутствие точных аэронавигационных карт (на имеющихся картах линия электропередачи не была обозначена). В 2004 году Красноярский краевой суд приговорил командира вертолёта Тахира Ахмерова к четырём годам лишения свободы с отбыванием наказания в колонии-поселении. Второй пилот Алексей Курилов��ч был осуждён на три года условно с испытательным сроком в два года. Александр Лебедь похоронен на Новодевичьем кладбище в Москве.
