El Ayuntamiento de México, encabezado por un grupo de criollos que se habían beneficiado de las reformas implantadas por los reyes borbónicos en el siglo XVIII, encuentra en la crisis política una oportunidad para implantar reformas políticas en el Virreinato. El 5 de agosto de 1808, el Ayuntamiento de México propone al virrey José de Iturrigaray convocar a una Junta de ciudadanos que gobierne en el nombre de Fernando VII. Los pensadores del Ayuntamiento de México apelaban a la teoría del contrato social en sus argumentos a favor del establecimiento de un gobierno soberano en la Nueva España, aunque como se ha dicho, no estaban promoviendo propiamente una separación de la Colonia. Encabezados por Gabriel de Yermo, los opositores a la Junta destituyeron a Iturrigaray, poniéndolo preso el 15 de septiembre de 1808. La Real Audiencia impuso como virrey títere a Pedro de Garibay. Los líderes del Ayuntamiento fueron encarcelados o desterrados.
