Sufrió de degradación como sacerdote y finalmente el 30 de julio de 1811 fue fusilado. Posteriormente, su cabeza fue colgada y exhibida en la alhóndiga de Granaditas en Guanajuato, junto con las de otros insurgentes como Allende, a manera de amenaza para los habitantes. A su muerte, otros insurgentes continuaron con sus ideas independentistas y años después, cuando se logró consolidar la República Mexicana en 1824, Hidalgo fue reconocido como el primer insurgente y padre de la patria.