10 июня 1990 года состоялась интронизация (настолование) Алексия в московском Богоявленском соборе. Алексий II стал первым патриархом Московским, использовавшим при своём имени номер (в историографии принято называть патриархов XVII века Иоасаф I и Иоасаф II, хотя в их эпоху номера не употреблялись).